乌鲁木齐铁路公安局属于铁路公安机关下属分机构，铁路公安机关的设置大致分几级，在铁道部设立公安局，在各铁路局（集团公司）设公安局，在铁路分局设公安处，铁路分局以下，根据工作需要设乘警队、公安段、公安科，在车站、货场设公安派出所。乌鲁木齐铁路公安系统实行双重领导，即在刑事执法和一般行政执法方面受上级公安机关的领导，在涉及铁路业务的领域则受到同级铁路运输部门的领导监督；人事管理上，包括铁路公安机关高级警官的任免，均由铁路运输部门和企业来决定，铁路警察的录用、奖惩等也取决于铁路运输企业；经费的划拨、使用都受到铁路运输企业的管理和控制。